L'histoire se déroule un an après que Sora est enfin éliminé toute l'organisation XIII. Il vient de sauver les différents mondes de l'emprise des ténèbres et d'éliminer les sans-cœurs de la surface de la terre. Tous les mondes de la lumière écoulent des jours paisibles et les mondes de l'ombre semblent vides. Il n'y a pas âme qui vive dans ces contrées éloignées. La vie peut reprendre son court, mais lorsqu'on croit que tout est terminé en vérité ça ne fait que commencer ... Quelque chose se prépare en silence et sans que personne ne puisse savoir de quoi il s'agit, les 7 princesses de cœur sont à nouveau réunit. Elles seront la clé et leur cœur pur délivre un pouvoir encore inconnu à ce jour. Soudain, une lumière jaillit dans chaque monde de lumière pour raviver la flamme des êtres lumineux disparus ... En effet, tous les défenseurs de la lumière sont ramenés à la vie et retrouvent leur monde respectif. La puissance de ce pouvoir des 7 princesses serait presque un miracle, mais malheureusement ce prodige a été vu par une personne aux intentions malfaisantes. Un inconnu tapis dans l'ombre voit ça d'un mauvais œil et l'avenir des princesses de cœur est en jeu.

Personne ne connaît son identité exacte ni même son but, on connaît seulement son nom : Venkiro. Toutes les contrées de lumière ne parlent plus que de lui pour ses larcins et sa magie noir. Les habitants voient ça d'un mauvais œil et craignent le retour en puissance des ténèbres ... Et effet, ils sont loin de se douter le danger qui les guettent depuis Illusiopolis. Les membres de l'organisation XIII ressuscitent de leur long sommeil pour reprendre les reines des mondes. Xemnas, N°1 et leader de l'organisation XIII donnent pour mission à Venkiro de rallier le plus d'être des ténèbres pour qu'ils combattent à leur côté. Une plus grande armée signifie plus de chance de victoire. Et comme si ça ne suffisait pas le maître de l'organisation envisage de réunir les 7 princesses de cœur afin de pouvoir ouvrir la porte des ténèbres et déclencher le chaos et la victoire de l'ombre sur la lumière. Un pouvoir si puissant que convoite Xemnas. Mais dans le noir celui qui croyait son allié et serviteur a de tout autre projet pour l'avenir des mondes. Venkiro use de ses pouvoirs de manipulation et vise aussi ce pouvoir inconnu. Il berne l'organisation en attendant le moment venu pour tout faire basculer ...

Les incarnés sont également ramené à la vie par le nécromancien et promet à Sephiroth la vengeance contre Cloud s'il s'allie à l'organisation XIII. Ses pouvoirs de persuasion portent leur fruit et les fils et filles de JENOVA prennent parti pour l'organisation. Xemnas attend ce moment depuis sa mort : détruire la lumière, mais par-dessus tout Sora. Ce gamin qui détruit tous ses plans depuis le début ... Il compte réduire à néant le maître de la keyblade et ses amis afin que la lumière ne puisse plus jamais revenir en ce monde. En somme, un avenir bien noir attend la lumière et il faudra redoubler de présence coûte que coûte.

Sur l'île du destin, une bouteille de verre arrive par la mer. Les trois destinataires apprennent alors les sombres nouvelles venant du roi qui annonce le retour des ténèbres. Sans plus tarder Sora se met en route pour protéger les princesses de cœur qui selon Mickey court un grave danger ... La menace est bien trop grande cette fois pour que le porteur de la keyblade agisse seul. Il décide donc de rallier le plus de monde possible et demande l'aide de l'AVALANCHE qui accepte de leur prêter main forte. Ces derniers apprennent la renaissance des incarnés, mais malheureusement ce ne sont pas les seuls ... Alors que Cloud compte les éliminer de manière définitive, la Shinra leur met des bâtons dans les roues ... La compagnie souhaite garder les fils et filles de JENOVA en vie à des fins personnelles et propose un marché qui consiste à capturer les incarnés pour les ramener à l'entreprise. En échange de quoi la Shinra combattrait au côté de l'AVALANCHE. Malheureusement, Cloud refuse cette offre et c'est un autre clan qui se forme pour sa propre cause ...

Xemnas est le seul à pouvoir éliminer Sora et il lui réserve un combat à mort une fois que le N°1 de l'organisation XIII aura le grand pouvoir des ténèbres à sa portée. Le combat entre lui et le maître de la clé risque fort d'être épique ... Voir même destructeur ... En attendant Sephiroth se prépare à affronter Cloud, mais cette fois-ci, il ne lui laissera aucune chance de survie ... La destruction et le chaos seront présents lors de ces batailles sans merci et peut-être les mondes seront détruit à jamais. Mais derrière ces prévisions d'horreur et de la fin d'un monde, un être venus d'autre horizon observe ce qu'il se passe en silence pour frapper le moment venu ... Peut-être en réalité le seigneur du monde futur n'est pas celui qui croit et il reviendra à celui qui tire les ficelles dans l'ombre ... Comment va se dérouler ce combat sans merci qui oppose la lumière et l'ombre ? S'en est-il fini des mondes actuels ? La lumière sera-t-elle détruite à jamais ? C'est à vous d'écrire la suite ... Bienvenue dans l'univers de Kingdom Fantasy.

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